有飞行员称，东航机长的平均月薪为2.5万～3万元。面对飞涨的物价，他们的工资始终“坚守”着公司合并前的水平，不足云南省内的一家民营航空公司的1/2。
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那封广为流传的公开信上写道：我们从事的行业原本就是一个高风险的行业，理应得到高回报。这一点其他公司就做得很好，在同等工作强度下，海南翔鹏公司飞行员的待遇要高出我们一倍，东方武汉公司、江苏分公司飞行员的收入大家也有目共睹……其他飞云南高原特殊机场的航班均得到了很高的风险补贴，而我们通过种种合法合理的渠道向公司领导层反映，要求提高待遇，却一直遭到他们的敷衍或拒绝。难道这不是对我们合法权利的漠视吗？
一名40多岁的东航机长告诉《中国新闻周刊》记者，工作的性质让他们养成了追求严密逻辑的习惯。在他们眼里，任何突发状况都会有一种标准的解决方法；任何不公平的待遇，也一定会有一个合理的解决方法。“但飞行员反映的不合理问题一直没有被上报和解决，所以出现返航事件只是迟早的事情”。
他说，东航飞行员的飞行时间平均每个月90小时，津贴是按飞行时间计算的。云南省内航班多是短途，都在1个小时左右，但准备环节要花3小时。如果省内航线飞满90个小时，意味着准备时间要花费至少270个小时。而这270个小时的准备，是不计报酬的。
多数东航员工认为，事件最直接的导火索是税收问题。有媒体报道，从2003年起，空勤人员的基本工资与飞行小时费分开纳税，按8%的税率核定计算缴纳个税。2006年，云南地税局要求自该年起将飞行小时费并入工资薪金一并计算个税，并要求2008年4月7日前完成2007年税金按20%以上比例补缴。如此算来，飞行员的个税将比以前多缴纳1万～7万元不等。这在云南分公司飞行员队伍中造成了强烈反弹，接受《中国新闻周刊》记者采访的一名副驾驶证实了该说法。 一场没有组织的抗议？
没有人公开3月31日当天究竟发生了什么。谁也不肯承认这是一场有组织的返航行为。
他们的返航理由充足：云南地处高原，地形复杂，高空多强气流，省内机场的地面设施简陋，跑道短，一不小心就会发生飞机冲出跑道的事情。这种情况下，飞机通常不容易着陆。
原民航总局制定了“八该一反对”的飞行准则，其中有一条就是“该返航的返航”，低于机场天气标准或者机长对降落机场条件缺乏信心，机长都有权力决定返航。有公司内部人士则认为，这是省内航线的飞行员们表达不满的“擦边球”。
但事件发生之后，飞行员意外地和航空公司形成高度一致，开始均称返航是因为“天气原因”。《中国新闻周刊》记者采访中所接触的几名飞省外航线的飞行员，也一直坚称省内机场条件恶劣，返航是“天气因素”。直到民航总局派出调查组进驻昆明，社会开始广泛关注这一事件，关于“天气”的托辞才难以敷衍下去。《中国新闻周刊》记者在上海东航总部追问了3天返航真相，对方不愿做任何答复。
4月7日，东航首次承认，云南分公司返航的部分航班存在人为因素，并称已对涉嫌当事人实施停飞和调查处理。
返航的飞行员们却成了不少员工心中的“英雄”。“他们在承受巨大的压力，我们是支持他们的，但我们也不敢对媒体多说。对他们的调查还在进行，我们不知道说什么是在帮他们，说什么是在害他们。”一位飞省外航线的波音767机型驾驶员说，“有其他分公司的飞行员被调过来支援飞行云南省内航班，我们私底下骂他们是叛徒。”
但被无端牵扯进这场纷争中的乘客，依然难以谅解“返航事件”中的主角们。
4月14日晚，当乘客再次遭遇事出正常的大规模航班延误，板子毫不留情地打在了东航以及东航的飞行员身上。
有乘客打电话给思茅的接机人员，确认了思茅机场确实天气恶劣后，抱怨之声有所缓解。
但旋即让他们愤怒的是，深夜12：30，MU5977的乘客再次登机，在飞机上等待了近半小时后，又被告知，他们乘坐的飞机因为要进行检修，无法起飞……
“为什么滞留了近5小时，飞机却没有检修好？”落座的乘客纷纷站起来堵在飞机出口处，要求下机。一小时后，混乱的场面最终以乘客换乘另一架飞机而结束。
就在航班因暴雨原因大规模延误的同一天，原东航飞行员郑志宏辞职索赔案二审开庭。
郑志宏在辞职后，东航云南分公司要求他支付1257万元的培训费用等，这也是到目前为止，民航飞行员辞职中要求最高的赔偿费用。
2007年12月，一审开庭时，曾有多名飞行员前来旁听。这次，没有一名飞行员到场。
一名没有参加返航事件的机长说，东航现在正在对飞行员进行内部调查,不管是否参与返航，都得接受调查，“这是要拿飞行员开刀,我们都感觉精神紧张。” （杨龙）
