政府机构设置出现的主要问题是党政不分，职能不清，机构重叠，人员膨胀，财政负担过重，效率低下，适应不了市场经济体制的发展要求。各地财政供养人员与总人口之比的全国平均水平为1：28。其中陕西为1：34；河北为1：40；河南为1：41；山西为1：27；宁夏为1：24；青海为1：22。有的地方情况更严重。在山西32个发不出基本工资的县中，有8个县在1：20
以下。有的县如大宁县为1：13。许多地方财政支出中生产建设性支出大幅度下降，而用于吃饭的部分占80%多。领导干部多的现象在许多地方形成"倒金字塔型"。有的市地一个委办局的局级领导有18人之多。地区行署从常务副专员到副主任科员多达17个层次。一般各县县委，县政府，县人大和县政协四大班子共有县级领导39人。领导多，小车也多。一般每县有车200辆左右，年费用400万元。中国目前财政收入每年8000多个亿，而从中央到省市县各类有资格配车干部的"官车"一项费用，一年就是4000多个亿。仅公务员的屁股和嘴巴每年消耗财政6400个亿。干部多造成体制性干扰多，内耗多，收费多，浪费多。吃饭财政和发不出工资在各地是普遍现象。例如，湖北省监利县总面积3238平方公里，总人口142万人，辖24个乡镇。1999年全县有
县直党政机构99个，其中党委机构19个，政府机构80个。全县各级各部门财政供养人员28481人，全县财政总收入2。2亿元，扣除列收列支体制上缴等，可用财力1。2亿元。如果每年按人均6000元费用计算，全县28418人共需1。7亿元。实际上，自80
年代后期以来，监利县的财政就是吃饭财政，每年有赤字。再如，湖南省华容县全县总人口70万人，辖26个乡镇，464个村场。1998年4月全县财政供养人员15000多人，财政收入只有8000万元左右。党政群一级机构60个，二级机构，副科级单位25个，代管单位20个，每次发文都要打印150份。县委迫于吃饭财政的压力，不得不做出"行政事业单位轮换下岗制度"的决定。政府机构改革首先是要精简机构和人员，减轻纳税人的负担。
新一轮地方政府机构改革的目标是建立办事高效，运转协调，行为规范的行政管理体系，完善国家公务员制度，建立高素质的专业化行政管理干部队伍，逐步建立适应社会主义市场经济体制的地方行政管理体制。
新一轮地方政府机构改革的主要原则有：（1）政企政社分开。将政府职能切实转变到经济调节，公共服务和社会管理等方面来，把企业生产经营和投资决策权还给企业，把社会可以自我调节与管理的职能交给社会中介组织。（2）根据各地实际情况推进改革。要根据各地各级政府管理的特点，经济社会发展水平，市场发育程度和人力资源状况，制定具体方案，进行分类指导，因地制宜地推进改革。（3）精简机构，裁减冗员，合理界定职能，依法行政。
在新一轮政府机构改革中，省，地，县，乡各级政府的职能要进行明确划分。（1）省级政府职能。省级政府要切实履行经济调节和社会管理的职能，按照国家法律法规和方针政策，制定区域性的经济社会发展规划，加强精神文明和物质文明建设，创造公平，公正和公开的竞争环境，维护市场秩序，打破地区条块分割；政府机关不再办经济实体，已经办的要限期脱钩，解除政府主管部门与国有企业的行政隶属关系，主管部门不再直接管理企业，切实落实企业经营自主权，深化企业改革，加快企业改组；加强对农业和农村工作的领导与协调。（2）地市级政府职能。主要是逐步管理从企业分离出来的社会事务，实行属地管理；进一步改善投资环境，加强基础设施建设，维护市场秩序，搞好社区服务，充分发挥城市的中心作用和辐射功能。（3）县级政府职能。主要是切实把政府职能转向服务与协调，加强农村基层政权建设，逐步发展小城镇，促进农业的专业化，市场化，现代化。（4）乡镇政府职能。主要是进一步推动农业社会化服务体系的发展与完善，为乡镇企业的发展创造条件，加强农村民主政治和法制建设，依法行政，规范管理。乡镇政府工作的主要职能就是社会公共服务。乡镇政府只宜参与道路，水电，学校和农业基础设施等公益性投资，一般情况下不宜再以集体经济所有者的名义介入效益性的投资经营活动。
按照政府机构改革转变职能的要求，各级政府精简机构的任务不同。（1）省，自治区政府工作部门将由现有的53个左右（含委，厅管理机构）精简为40个左右。经济不发达，人口较少的省自治区精简为30个左右。直辖市政府工作部门由61个左右（含委厅管理机构）精简为45个左右。（2）大城市政府工作部门精简为40个左右，中等城市30个左右，小城市22个左右，经济不发达人口较少的市政府工作部门应更少一些。自治州政府的工作部门由32个左右精简为25个左右。较大的县政府工作部门精简为22个左右，中等县18个左右，小县14个左右，贫困县或人口特别少的县，机构应更精干一些。（3）中央对地方政府特别是县乡两级政府的改革只提出原则要求，具体机构的设置由省级地级政府根据改革的原则和实际情况自行确定。地方各级政府系统现有行政编制518万人，实有548万人。各地编制要逐步分期实现精简目标，精简人员50%左右。
政府机构改革如同经济体制改革一样，改革能不能取得最终成功，还是取决于政治体制改革。机构改革应当同党政分开的政治体制改革同步进行。只搞机构改革，不搞党政分开，最终还是不能克服现行行政体制的弊端。
回顾过去２０多年几次机构改革，从未认真考虑实行党政分开的方案。在政府机构中，政府编制与党群编制不分，行政职能与党群只能不分。执政党的执政方式和党管一切的做法几十年一贯制，没有发生多大变化。在政府机构中，党也市政，政也是党，党政互兼，党政不分。同一事项，行政领导要管，党务领导也要管。党政合一的结果是党政扯皮，权力彼此争夺，责任相互推诿，严重影响行政效率的提高。
机构改革要最终取得成功，必须坚持党政分开的原则。在法治国家中，执政党的地位主要表现于在代表机构中拥有法律所要求的多数席位及对政府内阁成员的控制和影响，从而通过法定程序保证执政党的重大决策有可能上升为国家意志和政府的政策。中国要建设成为法治国家，执政党的执政方式必须改革。党要还权于政。党只管党不要直接管政。执政党的意志应当通过对高级公务员中党员的控制来体现在政务管理中。副部级以下的公务员应当严格按照公务员考核制度和法定民主选举程序任免。在副部级以上的干部中，执政党成员与非执政党成员的比例和任免程序应当在法律上有明确规定。党管干部应当限于只管党员干部，逐渐放开对非党员干部的管理。执政党对党员干部的管理方式也应当改革。对党员干部的管理要遵循党务程序，而不再直接干预政务程序。政务程序是由法律明确规定的。执政党推荐的干部的产生和罢免不得违反法定的政务程序和公务员制度。只要坚持党政分开的原则，在机构改革中就可以大力精简党务系统的机构。改革党管干部的方式是推进机构改革的重要措施。在依法定编合一法改革的前提下，行政民主改革与党务民主改革的同步进行，是下一轮机构改革要考虑的问题。
